les 2 n'ont rien à voir le couple php/mysql est un couple langage + BDD.
J2EE est un ensemble d'api (écrite en et fonctionnant avec) java pour l'entreprise. j2ee fonctionnera d'ailleur aussi très bien avec mysql ou tout autre sgbdr avec un driver jdbc.
pour ne citer que quelques "petites" choses que tu pourras très simplement faire avec j2ee mais beaucoup moins avec php:
1/gestion transactionnel au niveau d'un processus métier grâce a JTA (Java transactional architecture, composant de J2ee intégré entre autre dans les ejb)
2/mapping objet relationnel avec jdo ou EJB3.0 : cela consiste a écrire de simple bean (classes java de base comportant des getter et des setter pour chaque propriété) qui seront automatiquement mappés avec la base (mysql ou autre) même sur des objets composite (objets "persistants" contenant d'autre objets persistant ou même des collections d'objets persistant, impliquant des jointures -même complexe- au niveau de la base) ainsi une modification d'un objet de ce type dans le code modifiera automatiquement sa représentation en base de donnée
3/gestion d'une architecture distribuée grâce à JNDI (API de connexion à des annuaires, notamment des annuaires LDAP)
4/ gestion des messages pour les traitements de type asynchrone grâce à jms et aux ejb de type mdb (message driven bean)
5/ écriture très simple d'application respectant le paradigme mvc (contrôleur) de séparation des couches au combien utile par exemple pour la maintenance d'une application avec par exemple un framework comme struts (opensource, fondation apache)
6/ un framework d'autentification permettant de sécurisé toute application J2EE simplement (JAAS)
ce sont les premiers points qui me viennent en tête, en esperant que ça puisse t'aider
nicolas
PS : je ne dis pas que aucun de ces points n'est faisable en php (je ne connais pas assez le monde php pour le dire, c'est plutôt à toi de m'éclairer la dessus) mais je dis juste quavec Java/J2EE c'est très simple à mettre en oeuvre.
PS2 : mis à part ça, car cela ne concernait que j2ee il y a aussi tout les autres avantage de java par rapport a php (je ne dis pas que php n'a pas d'autres avantages) ne serait ce que par le nombre impressionnant de composants déjà existant de base en standard dans le J2SE (Java 2 Standard Edition, version de base de java)