en complement des autres réponses je dirais :
http://help.eclipse.org/help31/index.jsp?topic=/org.eclipse.platform.doc.isv/guide/team.htm
est une bonne base pour commencer, il explique entre autre le fonctionnement des RepositoryProvider d'Eclipse (entre autre le CVSTeamProvider).
Par contre cette API semble être quand même d'assez haut niveau (pas de command CVS directement passée...)
sinon il y a la solution de reccupéré les sources du projet "Eclipse Plateform" et de créer le javadoc des plugins "org.eclipse.team.cvs.*" (http://dev.eclipse.org/viewcvs/index.cgi) car ces package ne sont pas dans l' "API Reference" (javadoc des API d'Eclipse : http://help.eclipse.org/help31/index.jsp?topic=/org.eclipse.platform.doc.isv/reference/api/overview-summary.html)
Et enfin le meilleur pour la fin :
http://dev.eclipse.org/viewcvs/index.cgi/org.eclipse.team.tests.cvs.core/src/org/eclipse/team/tests/ccvs/core/EclipseCVSClient.java?rev=1.10&content-type=text/vnd.viewcvs-markup
on peut trouver ici le source des test Junit des plugins cvs et entre autre comment passer des commandes comme un "co" ou un "update"... :-)